故事分为两条剧情线： 里昂线（Leon Scott Kennedy）和克莱尔线（Claire Redfield）。
1998年9月29日，新人警官里昂来到莱肯市警察局上任。但是，在进入市区以后却遭遇了被T病毒感染的丧尸。同一时刻，S.T.A.R.S.队员克里斯的妹妹克莱尔，为了寻找失去音讯的哥哥也来到了莱肯市，并且也遭遇了丧尸，正是因此，两人阴错阳差的相遇了。相遇后，两人计划结伴去莱肯市警察局，但在路途中却遭遇了车祸，两人被爆炸的油罐车所引燃的火灾分开了。两人在火焰的两边约定：各自找到去警察局的路，然后在那里碰头，于是，游戏的双剧情线由此展开……
在《生化危机》发售后，三上真司立即开始《生化危机2》的开发工作，并且定于1997年3月发售。在《生化危机2》初版完成至80%时，三上真司对此版本极度不满，于是《生化危机2》被迫重新制作，这个被否决的初版往后被称为《生化危机1.5》。同时Capcom表示《生化危机2》将会同时在Playstation及SEGA Saturn平台上开发。在1998年，最终版本的《生化危机2》在PlayStation平台上率先发售，取得空前的成功。
人物介绍
里昂：是一个有抱负的新任警察，他是一个军校的学生，当一名警员是他的梦想，可是这个梦想却不是他想象的那么容易实现，刚到警局的第一天，就面临着生与死的考验。
克莱尔：为S.T.A.R.S.成员克里斯的妹妹，她的性格很开朗，对于外界的一切都感到十分亲切，可是外面的世界也不是她所想象的那样美好，初期遇到里昂也许真的可以算是她的一种福气。
艾达王：她是一个26岁的美藉华人，梦想能早点结婚。将她形容为专业，智慧及技能的女性绝不过份。不过她也会因本身性格而看不起比自己能力差的人从她的声音，处处也可感受到这颗冷傲的心。
雪莉：她只是一名12岁的小女孩。由于父亲为UMBRELLA公司成员之一，所以她似乎对公司建筑物绝不感到陌生，不过她的性格很内向，不爱交往。
特殊物品
1、游戏中玩家会遇到一些特殊物品，如色带、打字机、置物箱等
2、在游戏中打字机与置物箱扮演了相当重要的角色，充分的利用这两项设施，可以使冒险的过程更加的轻松。
3、由于主角们携带道具的空间有限，色带的携带与否有时候就成了令人头痛的问题。
4、尽避许多情况下打字机与色带或置物箱两者之一同时出现，因此即使不携带色带也不打紧；
5、但游戏中还是会有打字机独立出现的情况。
